Вова, если масло не "гудрон" то оставь. Что-бы поршневая не заржавела, через свечи налей масла (можно целый шприц) и проверни колено не меньше целого оборота, повторяй такую процедуру не реже раз в полгода. Чтобы в головке ни чего не заржавело, сними клапанную крышку и полей то-же маслом (правда это перестраховка, можешь этого не делать). А вот с системой охлаждения не так всё однозначно, она будет ржаветь (гнить), если сможешь,то лучше конечно заправить систему антифризом (для этого патрубки надо заглушить). Хотя за то время что двигатель стоял, может всё высохло. На 2-х литровых вроде блок чугунный, так что не страшно.
Значит остаётся почаще двигатель прокручивать.

Вова, это от ржавчины не спасёт, потому что будешь хранить в холодном месте и во время перепада температур (день-ночь) внутри на металле будет конденсироваться вода (ты же не сможешь перед заливкой силиконом откачать воздух, сделать там вакуум ). Я не понял, что тебе мешает залить через свечи масло? А резьбу на свечах помажь графиткой, я так всегда делаю, потом никогда проблем с отворачиванием не будет.